DNA sequence assembly algorithms based on clustering approaches / Elloumi, MouradCorenthin, Alex%Philippe, Bernard-

Public ISBD Titre : DNA sequence assembly algorithms based on clustering approaches : *** Auteurs : Elloumi, MouradCorenthin, Alex%Philippe, Bernard-, Editeur : Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique Année de publication : 2000 Importance : p. 255-263 Format : 24 cm Note générale : METHODES DE PROGRAMMATION ET ALGORITHMIQUE Catégories : SCIENCES TECHNOLOGIQUES Mots-clés : SEQUENCE D'ADN%ALGORITHME EXACT%ALGORITHME D'APPROXIMATION Résumé : Dans ce papier, nous présentons un algorithme exact et deux algorithmes d'approximation de reconstitution d'une séquence d'ADN (RSA). Les algorithmes d'approximation de RSA sont basés, respectivement, sur l'approche de classification de Zahn et celle de Lu et Fu. Nos algorithmes de RSA opèrent en deux étapes. Durant la première étape, on construit le meilleur ensemble de contigs de poids maximums (MEC). Puis durant la seconde étape, on ordonne les contigs de poids maximum (CPM) du MEC selon leur ordre de chevauchements. Chacun des deux sous problèmes traités, respectivement, durant la première et la seconde étape sont NP complets. Notre algorithme exact traite le premier sous problème en un temps de l'ordre de O (n puissance n), où n est le nombre de chaines puis traite le second en un temps de l'ordre de m puissance m, où m=5n/2° est le nombre de CPMs. Nos algorithmes d'approximation traitent le premier sous problème en un temps de l'ordre de O (n2*l2), puis traitent le second en un temps de l'ordre de O (m2*l2), où l est la longueur d'une chaine (Résumé d'auteur)- - - Note de contenu : - - - - - - Numéro du document : 04B Niveau Bibliographique : 5 Indicateur Bibliographique : K Bull1 (Theme principale) : METHODES DE PROGRAMMATION ET ALGORITHMIQUE DNA sequence assembly algorithms based on clustering approaches : *** [] / Elloumi, MouradCorenthin, Alex%Philippe, Bernard-,  . - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique, 2000 . - p. 255-263 ; 24 cm. METHODES DE PROGRAMMATION ET ALGORITHMIQUE Catégories : SCIENCES TECHNOLOGIQUES Mots-clés : SEQUENCE D'ADN%ALGORITHME EXACT%ALGORITHME D'APPROXIMATION Résumé : Dans ce papier, nous présentons un algorithme exact et deux algorithmes d'approximation de reconstitution d'une séquence d'ADN (RSA). Les algorithmes d'approximation de RSA sont basés, respectivement, sur l'approche de classification de Zahn et celle de Lu et Fu. Nos algorithmes de RSA opèrent en deux étapes. Durant la première étape, on construit le meilleur ensemble de contigs de poids maximums (MEC). Puis durant la seconde étape, on ordonne les contigs de poids maximum (CPM) du MEC selon leur ordre de chevauchements. Chacun des deux sous problèmes traités, respectivement, durant la première et la seconde étape sont NP complets. Notre algorithme exact traite le premier sous problème en un temps de l'ordre de O (n puissance n), où n est le nombre de chaines puis traite le second en un temps de l'ordre de m puissance m, où m=5n/2° est le nombre de CPMs. Nos algorithmes d'approximation traitent le premier sous problème en un temps de l'ordre de O (n2*l2), puis traitent le second en un temps de l'ordre de O (m2*l2), où l est la longueur d'une chaine (Résumé d'auteur)- - - Note de contenu : - - - - - - Numéro du document : 04B Niveau Bibliographique : 5 Indicateur Bibliographique : K Bull1 (Theme principale) : METHODES DE PROGRAMMATION ET ALGORITHMIQUE

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Code-barres	Cote	Support	Localisation	Section	Disponibilité	Origine
37546	A 8544%A 8545%INF 207%INF 208	Livre	CIDST	Bibliotheque DDI	Exclu du prêt

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